ด้วยเหตุที่การใช้วัตถุมีพิษประเภทสารเคมีสังเคราะห์ได้ก่อให้เกิดพิษอันตรายและผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมทำให้นักวิจัยค้นพบข้อจำกัดในการใช้สารเคมีป้องกันกำจัดศัตรูพืชและได้พยายามหันมาใช้วิธีการอื่นผสมผสานกันเพื่อลดพิษและอันตรายดังกล่าว ซึ่งการพิจารณาใช้วิธีการอื่นๆ เกษตรกรควรให้ความสนใจ คือ
1. การเลือกใช้พืชพันธุ์ต้านทานแมลงและโรคศัตรูพืช มักนำมาใช้กับฝ้าย มะเขือเทศ อ้อย มันฝรั่ง ฯลฯ
2. เลือกการหาจังหวะการปลูกที่เหมาะสม เพื่อหลีกเลี่ยงฤดูการระบาดของศัตรูพืช โดยปลูกให้เร็วหรือช้ากว่าปกติ ตลอดจนการพยากรณ์การระบาดของศัตรูพืช เพื่อเตรียมการป้องกันกำจัดได้ทันท่วงที
3. การใช้เขต ก ss ม การตากดิน ไถดิน เพื่อทำลายศัตรูพืช และช่วยให้นกจับกินแมลงที่ฟักตัวในดิน นอกจากนี้การตัดเ w าทำลายต้นตอพืชที่หลงเหลือเป็นแหล่งสะสมของศัตรูพืช จะช่วยลดการระบาดของศัตรูพืชอีกด้วย
4. การใช้วิธีกล เช่น การใช้กาวทาจับแมลงที่มีการเคลื่อนไหวเร็ว
5 .การใช้วิธีทางฟิสิกส์ เช่น การใช้แสง เสียง หรืออุณหภูมิในการล่อไล่ฆ่าทำลายศัตรูพืช ทั้งโรคและแมลง ที่นิยม คือการใช้เครื่องล่อแมลงแบบใช้แสงไฟ
6. การใช้วิธีการทางเคมี เป็นวิธีการใช้สารประกอบที่เป็นอนินทรีย์เคมีหรืออินทรีย์เคมีใช้ป้องกันกำจัดศัตรูพืช แต่วิธีการนี้พบว่ามีข้อดีและข้อเสียมากจึงมีข้อจำกัดในการใช้เฉพาะ
7. การใช้วิธีป้องกันกำจัดแมลง โดยการใช้เชื้อจุลินทรีย์ของแมลง ตัวห้ำ ตัวเบียน สัตว์ป่าบางชนิดช่วยลดและควบคุมปริมาณศัตรูพืชมิให้เกิดความเสียหายกับพืชผล นับตั้งแต่กิ้งก่า แย้ ตุ๊กแก จิ้งจก งู ฯลฯ
8. วิธีการอื่นๆ เช่น การกำหนดระดับความเสียหายทางเศรษฐกิจเพื่อให้การใช้วัตถุมีพิษเป็นไปอย่างคุ้มทุนและมีประสิทธิภาพ การใช้สมุนไพรบางชนิดป้องกันกำจัดศัตรูพืช อาทิเช่น โล่ติ้น สะเดา ยาสูบ หนอนตายหยาก ฯลฯ
สะเดาเป็นไม้พื้นบ้านที่พบเจริญได้ดีในเขตร้อนของเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ซึ่งนิยมใช้ประโยชน์ด้านสมุนไพร ทนความแล้ง นอกจากนี้ยังมีปลูกในแถบเอเชีย อัฟริกา และอเมริกากลาง มีประวัติการใช้เมล็ดและใบสะเดาป้องกันกำจัดศัตรูพืชในอินเดียและศรีลังกา น้ำมันสะเดายังใช้เป็นวัตถุดิบทำสบู่ ใบของสะเดายังมีสารไล่แมลงอยู่ด้วย จากการศึกษาพบว่ามีผลทำให้แมลงวางไข่ลดลง สะเดาเหมาะสำหรับใช้ป้องกันกำจัดศัตรูพืชบางชนิด อาทิเช่น ผักกาดหัวที่ถูกหนอนผีเสื้อ เพลี้ยอ่อน และตั๊กแตนบางชนิดทำลาย โดยเฉพาะหนอนใยผักได้ผลดีมาก สารสกัดจากเมล็ดสะเดาจะต้องใช้อย่างระมัดระวัง มิฉะนั้นจะทำให้ผิวใบคะน้า ผักกาดเขียว มีสีม่วงบริเวณด้วนบนที่ถูกแดดทำให้ขายผลผลิตไม่ได้ เกษตรกรจึงไม่นิยมใช้ อนึ่งการใช้ผงเมล็ดสะเดาอัตรา 5 กรัม/หลุม หยอดโคนต้น หน่อไม้ฝรั่งหรืดฉีดพ่นสารสกัดจากเมล็ดสะเดาด้วยน้ำอัตราความเข้มข้น 100 กรัม/น้ำ 3 ลิตร จะไม่เป็นอันตรายต่อหน่อไม้ฝรั่ง และช่วยลดปริมาณหนอนของผีเสื้อบางชนิดได้ดี
ตามคำแนะนำของ GTZ ใน Neem a Natural Insecticide ระบุว่าสะเดาจะเริ่มให้ดอกครั้งแรกเมื่ออายุได้ 2-3 ปี และติดผลเมื่ออายุ 3-4 ปี และให้ผลผลิต 1-2 ครั้ง/ปี ตามสภาพอากาศกลุ่มของแมลง ที่นับว่าได้ผลดีในการป้องกันและกำจัด คือ ตัวอ่อนของด้วย หนอนผีเสื้อกลางวัน และผีเสื้อกลางคืน และยังได้ผลดีกับแมลงในกลุ่มตั๊กแตน หนอนชอนใบ เพลี้ยจั๊กจั่น และเพลี้ยกระโดด สำหรับพวกตัวเต็มวัยของด้วงปีกแข็ง เพลี้ยอ่อน และแมลงหวี่ขาว จะได้ผลป้องกันในระดับพอใช้ และไม่ได้ผลในการป้องกันกำจัดในกลุ่มแมลงพวกเพลี้ยแป้ง หรือเพลี้ยหอย ตัวแก่ของมวนแมลงวันผลไม้ และไรแมงมุม